源泉徴収票と納税通知書の控除額が違っていますが、間違っていませんか

　間違いではありません。

　源泉徴収票に記載されている控除額は、所得税における控除額ですが、納税通知書に記載されている控除額は、個人市県民税における控除額であることから、控除額に違いがあります。